Eu mesmo resolvi o problema. Eu tive que criar um arquivo ubuntuone-launch.desktop
em /home/username/.config/autostart
com o seguinte texto.
[Desktop Entry]
Name=Ubuntu One
Exec=/bin/sh -c '[ -d "$HOME/Ubuntu One" ] && ubuntuone-launch'
Type=Application
X-GNOME-Autostart-Delay=30
Icon=ubuntuone
Comment=
X-Ubuntu-Gettext-Domain=ubuntuone-client
Hidden=true
X-GNOME-Autostart-enabled=false
Name[de]=ubuntuone-launch.desktop
Isso impede que o UbuntuOne estabeleça automaticamente uma conexão após o login. (Verificado removendo o arquivo .desktop)