Primeiro, recomendo que você inicie o docky pelo terminal. Tipo:
killall docky && docky
Em seguida, tente recriar o problema. Veja o que aparece na janela do terminal.
Se você quiser redefinir as configurações do docky, provavelmente digitando
$ sudo apt-get purge docky
$ rm -r ~/.gconf/apps/docky*
$ sudo apt-get install docky
fará o truque.