A versão 11.10 ainda está em fase alfa - isto significa que o desenvolvimento é cedo e as coisas podem ser quebradas.
Pastas e unidades criptografadas são uma dessas áreas - veja este tópico do ubuntuforums.
Revertendo seu sistema
Meu conselho é reverter seu sistema de volta para 11.04 até - no mínimo - o primeiro ou segundo beta de 11,10.
Isso pressupõe, naturalmente, que você fez um backup de imagem do sistema antes da atualização alfa.
Se você não tiver, você pode ter que reinstalar o 11.04 do zero - isso pode perder todos os seus dados no seu disco rígido.
Recuperando seus dados
Se você tiver uma partição / home separada - siga os conselhos neste pergunta da UA .
Talvez a melhor maneira seja fazer backup de todos os seus dados criptografados usando este Pergunta da UA . Em seguida, faça uma nova instalação 11.04 antes de copiar os dados que você salvou.