Funciona muito bem com o meu (ATI Radeon X1200 no meu Toshiba Satellite A215-S7437), até melhor que o Unity 2D, na verdade. Espero que ajude!
Além disso, o Unity não usa uma bandeja do sistema como tal (embora possa ser adicionada), ele usa indicadores. Nem todos os aplicativos têm indicadores, talvez seja por isso que seus ícones não estavam aparecendo.