O Sphinx 0.6.6 não possui suporte a epub. Foi adicionado na versão 1.0. Você pode querer verificar o changelog para mais detalhes.
No Ubuntu 10.10, quando executo o comando sphinx-build -b epub -d _build/doctrees . _build/epub , vejo a seguinte saída:
Running Sphinx v0.6.6
Erro de esfinge: Nome do construtor epub não registrado make: * [epub] Erro 1
Poderia ser apenas um pacote ausente, mas não sei qual. A página de documentação do sphinx não diz que o construtor epub está disponível apenas em uma versão posterior.