Você pode redefinir qualquer configuração removendo a pasta correspondente em seu diretório pessoal. Por exemplo, se você deseja redefinir o painel do gnome e as opções:
rm -fr ~/.gnome2 ~/.gconf
Se você quiser remover opções de um programa, elas terão um arquivo oculto semelhante ou um arquivo em ~/.config
que você pode remover. Remover as configurações basicamente as redefine para o padrão.
Você também pode criar um novo usuário, o que permitiria comparar as configurações.