Você pode especificar números hexadecimais como $hex_number = 0xaf56 , hex converte uma string com texto hexadecimal no número equivalente, ou seja, $hex_number == hex 'af56' . Os números são representados em binário dentro de um computador e eles se comportarão adequadamente com qualquer operação em bits que você fizer neles.
É somente quando você imprime um número que precisa ter cuidado sobre como deseja formatá-lo. Por padrão, os números são impressos em decimal, você pode imprimir em hexadecimal usando o especificador de formato %x com printf .