Faz parte do tema.
Procure em /usr/share/themes/Ambiance/metacity-1/metacity-theme-1.xml
e altere as propriedades de padding
para zero (ou remova-as), por exemplo:
<frame_style ...>
...
<padding left="7" right="7" bottom="7"/>
</frame_style>
--- Atualização ---
Existe também um relatório de erros a seguir. O bug foi corrigido, se você ainda ver isso, eu relataria um novo bug (a menos que esteja acontecendo com janelas que só podem ser redimensionadas em etapas de tamanho fixo como o gnome-terminal).