Você precisa preservar a pasta /home e todos os seus subdiretórios (é improvável que seus dados sejam armazenados em qualquer outro lugar, e nenhum aplicativo instalado via apt-get estará lá).
Aqui estão alguns métodos que permitem que você faça isso:
- Backup / home para qualquer tipo de unidade de backup, como uma cópia direta ou como .tar.gz.
- Reparticione seu disco rígido existente. Crie uma nova partição para / home e mova todos os seus dados para lá. Use isso como uma partição / home ao reinstalar.