O diretório listado no terminal como Documents\ (2) na GUI será parecido com Documents (2) , você pode excluí-lo executando:
rm -r "Documents (2)"
Esta é uma exclusão recursiva, apagará tudo dentro da pasta e da própria pasta. Além disso, você pode usar a tecla Tab para completar automaticamente o nome da pasta em seu terminal e também arrastar o arquivo para o terminal e, em seguida, o caminho para o arquivo aparecerá lá.