Eu não sei como fazer exatamente o que você está perguntando, mas o que acabei fazendo foi (tentando) desativar completamente o botão do meio no meu trackpad: Desativando o botão do meio do mouse
Acabei de criar um script que executa xinput set-button-map $id 1 0 3 , em que $id é um ID exibido por xinput list para os dispositivos do trackpad. Os três números atribuem identificadores de botão para os botões físicos esquerdo, médio e direito. (Então você pode desabilitar o botão direito alterando 3 para 0 , invertendo-os com 3 2 1 , etc.) Eu ainda não encontrei nenhuma instrução para fazer isso em um arquivo de configuração em algum lugar. Idealmente, isso seria no painel de controle do mouse para o Ubuntu ou, no mínimo, na ferramenta gnome-tweak ou algo assim.
Curiosamente, isso desabilita o clique do meio no firefox (o principal aborrecimento - fechar as abas e abrir os links em novas abas por acidente), mas ainda cola nos terminais. Portanto, ainda não tenho certeza se isso realmente funciona ou se o terminal e outros aplicativos estão usando algum outro evento para interpretar como colar. Provavelmente irei também votar em quaisquer solicitações de recursos do Firefox para adicionar opções de configuração para desativar o fechamento de guias e outras ações de clique do meio.