Eu acho que o @AndroidDev está certo, é apenas sobre permissões de arquivos unix que não podem ser salvos no FAT {12,16,32}, ou exFAT e dificilmente no NTFS. O autor claramente teve o exemplo padrão de um usuário do Windows ter em mente o Ubuntu, veja a última seção da página wiki. Btw, consulte esta questão para uma discussão sobre a qualidade do seu wiki vinculado.
tl; dr : A mixagem do sistema de arquivos na sua instalação não deve ser um problema, contanto que sejam todos adequados para o Linux, i. e. suporte a permissões do sistema de arquivos, bem como links simbólicos. Em geral, isso significa que todo sistema de arquivos é bom, exceto FAT e NTFS.
( source (alemão) )