wmctrl
não funciona corretamente em uma sessão do Wayland, já que controlar as janelas é contra a política de segurança do Wayland.
wmctrl
pode funcionar com as janelas do aplicativo em execução na camada de compatibilidade do XWayland (por exemplo, Firefox). Mas gnome-terminal
é um aplicativo oficial do GNOME que não é executado no XWayland, portanto, ele falha.
Você pode tentar mude para uma sessão do Xorg como solução alternativa.