Você pode restaurar configurações específicas do gnome com os seguintes comandos no terminal:
rm -rf .gnome .gnome2 .gconf .gconfd .metacity
Para detalhes você pode ver Como redefinir as configurações do Ubuntu / Gnome para os padrões sem reinstalar | FUD do Linux
Além disso, você pode verificar se não há dependências quebradas usando:
sudo apt-get check
E então você pode solucionar seus problemas restantes um a um.