Verifique se você pode encontrar o arquivo /etc/systemd/logind.conf
O conteúdo da minha versão é assim (embora eu esteja em uma área de trabalho):
# ... Loads of comments ...
[Login]
#NAutoVTs=6
#ReserveVT=6
#KillUserProcesses=no
#KillOnlyUsers=
#KillExcludeUsers=root
#InhibitDelayMaxSec=5
#HandlePowerKey=poweroff
#HandleSuspendKey=suspend
#HandleHibernateKey=hibernate
#HandleLidSwitch=suspend
#HandleLidSwitchDocked=ignore
#PowerKeyIgnoreInhibited=no
#SuspendKeyIgnoreInhibited=no
#HibernateKeyIgnoreInhibited=no
#LidSwitchIgnoreInhibited=yes
#HoldoffTimeoutSec=30s
#IdleAction=ignore
#IdleActionSec=30min
#RuntimeDirectorySize=10%
#RemoveIPC=yes
#InhibitorsMax=8192
#SessionsMax=8192
#UserTasksMax=33%
Tente alterar a linha comentada # KillUserProcesses = no removendo o principal '#'
Acho que isso deve impedir que seu computador feche seus aplicativos quando ele for suspenso.
Você precisará sudo
para editá-lo.