Pelo que vejo na página sã oficial , o ScanSnap S1300 usa o epjitsu , não o backend fujitsu . Você pode tentar mover a entrada de configuração do arquivo fujitsu.conf para epjitsu.conf na mesma pasta.
Não sei exatamente quais são as diferenças entre o S1300 e o S1300i, portanto, talvez seja necessário extrair o arquivo de firmware *.nal do driver Fujitsu do Windows, como está escrito no cabeçalho de fujitsu.conf e epjitsu.conf arquivos em /etc/sane.d/ , se você ainda não fez isso.
Atualizar Acabei de me lembrar de quando eu criei são a partir do código-fonte porque precisava que a nova versão do meu scanner funcionasse, tive que criar uma nova regra do udev para o scanner poder ser usado.
Criei um novo arquivo em /etc/udev/rules.d chamado 40-libsane.rules e inclua a seguinte linha no arquivo:
ATTRS{idVendor}=="AAAA", ATTRS{idProduct}=="BBBB", ENV{libsane_matched}="yes"
Substitua o AAAA e o BBBB pelos IDs do seu scanner. Você pode vê-los digitando lsusb (na verdade, são os mesmos IDs que você disse que usou para criar uma nova entrada em fujitsu.conf).