Para resolver
IBUS-WARNING **: The owner of /home/myPC/.config/ibus/bus is not root!
use gksudo
ou gksu
ao invés de sudo para abrir o arquivo,
gksudo gedit php.ini
ou
gksu gedit php.ini
Mais informações sobre o gksudo
O próximo erro
(gedit:12512): Gtk-WARNING **: Calling Inhibit failed: GDBus.Error:org.freedesktop.DBus.Error.ServiceUnknown: The name org.gnome.SessionManager was not provided by any .service files
pode ser resolvido atualizando gir1.2-gtksource-3.0
sudo apt-get install gir1.2-gtksource-3.0