Você tem uma placa gráfica discreta? se assim for, tente usar um driver gráfico diferente.
Recentemente, tive um erro semelhante em uma instalação limpa do Ubuntu. xdotool
parece não funcionar, quando estava definitivamente trabalhando em instalações anteriores (Eles tinham sido atualizados - mas eu queria uma instalação limpa e fresca.)
Descobri que a mudança para os drivers gráficos mais recentes corrigiu meu problema. O driver de código aberto pode manipular a entrada sintetizada de uma maneira diferente da proprietária.