A resposta curta é que as coisas não funcionam mais assim. Cada programa tem suas próprias configurações (e muitas vezes não são configuráveis via GUI, e são MUITO difíceis de encontrar de qualquer outra forma). Isso inclui o gerenciador de arquivos (que também pode usar partes de um "programa" diferente para funcionar) ou qualquer programa do sistema, muitos dos quais não foram projetados para serem configuráveis para a GUI, e muito menos sons! A culpa é toda a fragmentação da comunidade ALSA e Linux, eu acho.