Você pode executar alsamixer em um terminal e verificar se não há canal silenciado quando o jackd é executado. Pressione F6 para verificar cada placa de som, caso haja mais de uma.
Tente também matar pulseaudio antes de executar o jackd, não é tão fácil porque o pulseaudio é reiniciado automaticamente, então execute estes comandos:
mkdir .pulse
echo autospawn=no > ~/.pulse/client.conf
pulseaudio -k
Agora o pulseaudio está parado, inicie o jackd.
(mais tarde, para reverter para o modo normal, execute echo autospawn=yes > ~/.pulse/client.conf
then pulseaudio
)