Você tem uma ideia errada, suponho. Particionar o disco não remove janelas.
Por exemplo Digamos que você tenha um disco rígido de 500GB com janelas. A unidade é particionada (agrupada) em várias partes. Você tem o sistema operacional em C: \, etc. Agora você particiona sua unidade novamente. Isso significa que você aloca uma quantidade fixa de espaço livre para um propósito (Instalando o Linux aqui).
A unidade inicializável é apenas um pen drive que ajuda você a inicializar o instalador e instalá-lo no espaço livre (partição) alocado para o Linux. A unidade inicializável e o particionamento não estão relacionados.
O seguinte vídeo pode ajudar- link