Não acho que essa seja uma opção configurável no Unity, mas você pode editar o código-fonte para alterar a duração. Se você não baixou o código-fonte e compilou seus próprios pacotes antes, você pode fazê-lo da seguinte maneira. Do seu diretório pessoal em uma janela de terminal:
mkdir src
cd src
apt-get source unity
cd unity-<version number>
gedit ./plugins/unityshell/src/Launcher.cpp
Procure a linha que diz:
Launcher.cpp:const int Launcher::Launcher::ANIM_DURATION_SHORT = 125;
e talvez dobre a duração. Se você nunca construiu um pacote da fonte antes de precisar de algumas ferramentas. Então faça:
sudo apt-get install build-essential devscripts
Em seguida, para obter as dependências necessárias para que a unidade seja construída corretamente:
sudo apt-get build-dep unity
Finalmente, crie o pacote e instale:
debuild -us -uc
cd ..
sudo dpkg -i unity*.deb
Se você tiver problemas com dependências, informe-nos e tentarei ajudar você a descobrir o que está perdendo.