OK, depois de muita experimentação, encontrei uma solução alternativa e uma solução mais permanente.
A solução alternativa
Houve vários problemas, com soluções separadas.
Para resolver a questão do fundo estar escuro, eu tive que mudar do gnome greeter para o lightdm:
sudo dpkg-reconfigure gdm3
... e, em seguida, selecione lightdm. Agora o Cinnamon usava o fundo do greeter, que poderia ser alterado com a ferramenta de configuração grek do greensdm greeter. Isso não é ideal, mas funciona.
Para mudar o tema dos ícones, eu tive que usar a ferramenta gnome tweak. Eu não sei porque, mas isso mudou corretamente o tema dos ícones.
Quanto aos atalhos de teclado padrão, tive que adicioná-los novamente. Em vez de usar o atalho 'terminal de inicialização' incorporado, tive que criar um atalho personalizado que executasse gnome-terminal . Não é o ideal, mas funciona.
A solução a longo prazo
Eu ainda não sei exatamente quais programas estavam causando esses problemas, mas achei que o mais limpo da instalação eu poderia fazer o melhor.
Eu reinstalei, dessa vez com o instalador mínimo do ubuntu . Depois disso, eu instalei o canela e habilitei o lightdm, usando as instruções de esta resposta .
sudo apt-get install cinnamon-desktop-environment
sudo systemctl set-default graphical.target
em /etc/default/grub altere a linha:
GRUB_CMDLINE_LINUX_DEFAULT="quiet splash init=/lib/systemd/systemd"
e, finalmente, executar
sudo update-grub
Isso me deu uma instalação canela no Ubuntu. Para obter um greeter mais agradável e mais configurável, eu também instalei a ferramenta de configuração e configuração grekdm lightkm.
sudo apt-get install lightdm-gtk-greeter lightdm-gtk-greeter-settings