Como há muitos lugares para definir configurações de proxy, pode ser confuso no começo. Deixe-me resumir algumas coisas e sugerir algumas boas práticas.
Para programas de console
Ex: wget, git e quase todos os aplicativos de console que se conectam à internet.
Se você quiser configurar o proxy toda vez que executar seus comandos por algum motivo, defina as variáveis de ambiente usando os seguintes comandos.
export http_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
export ftp_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
Caso você queira usar as mesmas configurações todas as vezes para todos os usuários, use-as.
Configure no bashrc
$ nano /etc/bash.bashrc
export http_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
export ftp_proxy=http://DOMAIN\USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT/
Configure em /etc/environment
$ nano /etc/environment
https_proxy="http://myproxy.server.com:8080/"
ftp_proxy="http://myproxy.server.com:8080/" ...
Configure usando a GUI
Abra as configurações de rede e defina o seu proxy de rede para todo o sistema.
Rede - > Proxy de rede - > Configurar - > Aplique em todo o sistema.
Mas isso pode não ser útil se você tiver autenticação para o proxy.
Para o apt.
Você precisa fazer algum trabalho extra para o apt, já que, por acaso, o apt não obedece a variáveis de ambiente,
$ nano /etc/apt/apt.conf
Acquire::http::Proxy "http://USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT";
Acquire::https::Proxy "https://USERNAME:PASSWORD@SERVER:PORT";
Para tudo fora desse escopo, deve haver uma opção para definir as configurações de proxy no próprio aplicativo. Se não me desculpe;)