Problema semelhante aqui. Mas como o Ubuntu lembra a posição do ícone (parece até mesmo dependendo da configuração do monitor), há uma solução alternativa (feia).
Eu uso meu laptop em casa (configuração de monitor único, fins de entretenimento, trabalho suave) e no trabalho (monitor duplo, um mais alto que o outro). Quando coloco uma memória USB, o Ubuntu cria um ícone na área de trabalho, perfeitamente visível. Mas quando eu vou trabalhar e tento usá-lo, eu sei que o ícone está lá (usando as setas do teclado para navegar eu posso alcançá-lo, e intro abri-lo), mas fora de vista (como nunca ubuntu visto nesta configuração do monitor , ele usa a última posição conhecida ... a outra na configuração, fora da visão atual.
Nesses casos, eu uso para alterar (temporariamente) a configuração da minha área de trabalho, movendo a posição da área de trabalho do laptop para o ícone do ícone, movendo o ícone para uma área visível no outro monitor e voltando à configuração favorita. em seguida, movendo o ícone onde eu realmente quero que seja. É uma maneira tediosa, mas funciona, sem alterar arquivos ou scripts, nem nada.
Ou você pode tentar automatizar: link