Mesmo se você tivesse remontado o diretório como leitura-gravação, ainda assim não desejaria excluir o diretório ou estaria apagando os arquivos em seu diretório pessoal.
Acredito que o que você está procurando é o ecryptfs-umount-private
ou unmount.ecryptfs_private
. Não deixe de ler o aviso na sinopse do segundo comando.