Você pode experimentar a ferramenta Nitrogênio.
Obtenha dos repositórios oficiais do Ubuntu com o comando: sudo apt-get instala nitrogênio
Puxe-o para dentro da GUI a partir da linha de comando com: azoto
Vá para as preferências, adicione sua pasta que contém seus papéis de parede e tela 1, 2, etc para definir diferentes papéis de parede para monitores diferentes.