Editar as configurações do compiz funcionou !!!.
Eu tenho um laptop rodando o Ubuntu 16.04 com um monitor conectado à porta HDMI. A placa gráfica é uma NVIDIA GeForge GTX 960M.
Meu problema é que a saída é renderizada corretamente apenas se eu configurar monitores no modo de tela espelho. Quando o modo espelhado não está habilitado, ambos os monitores renderizam em resolução incorreta (ícones e janelas são muito grandes) e você não pode pressionar os controles na tela, parece que a entrada do mouse é alterada.
No modo não espelho, a execução de xrandr -q gera informações corretas:
Screen 0: minimum 8 x 8, current 1920 x 1080, maximum 16384 x 16384
HDMI-0 connected 1920x1080+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 480mm
x 268mm
1920x1080 60.00*+
1680x1050 59.95
1440x900 74.98 59.89
....
eDP-1-1 connected primary 1920x1080+0+0 344mm x 194mm
1920x1080 60.01*+ 59.93 40.01
1680x1050 59.95 59.88
....
A saída se eu desabilitar o modo espelho.
Screen 0: minimum 8 x 8, current 3840 x 1080, maximum 16384 x 16384
HDMI-0 connected 1920x1080+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 480mm
x 268mm
1920x1080 60.00*+
1680x1050 59.95
....
eDP-1-1 connected primary 1920x1080+1920+0 344mm x 194mm
1920x1080 60.01*+ 59.93 40.01
1680x1050 59.95 59.88
....
Os monitores parecem estar na resolução correta, mas o "screen-0" mostra a atual 3840x1080.
Eu atualizei meus drivers nvidia (atualmente usando o driver binário NVIDIA - versão 375.26) Exibição estendida do Ubuntu 16.04LTS não funciona
Tentei apagar o xorg.conf como mencionado aqui Obtendo resolução de tela correta com drivers nvidia
Mas não funcionou.
Alguma sugestão do que há de errado?
EDITAR: Bem, minha pergunta é basicamente duplicada com esses outros, eu continuo registrando o que funcionou para mim.
Finalmente, editar as configurações do compiz funcionou para mim: