apt
tem (ou pelo menos, tem) opções configuráveis para isso. Execute isso de um terminal.
sudoedit /etc/apt/apt.conf.d/76download
E cole o seguinte:
Acquire
{
Queue-mode "access";
http
{
Dl-Limit "50";
};
};
Isso limitará o apt-get (via HTTP) a 50KB / s, mas apenas alterará o valor de Dl-Limit
para o que melhor se adequar às suas circunstâncias. Salve o arquivo e pronto!