Para responder a esta pergunta:
"Os arquivos no meu sistema operacional Ubuntu serão afetados / acessíveis se alguém conseguir acesso remoto ao meu sistema operacional Windows? Ou os dois existiriam completamente separados um do outro?"
Se alguém obtiver acesso ao seu computador através do sistema operacional Windows, seus arquivos do Linux também poderão ser acessados.
Embora o atacante possa facilmente ler os arquivos do Linux, escrever para ele (para script / ataque mal-intencionado) na partição do Linux não será fácil.