Existem pelo menos duas maneiras de resolver esse problema.
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Use a partição EFI da unidade interna, como sugere Zanna. Veja o link a seguir para mais detalhes,
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Não toque na unidade interna
2a. Não toque na unidade interna. Em vez disso, crie um sistema instalado que consiga inicializar e rodar por conta própria. Veja o link a seguir para mais detalhes, com o instalador padrão e com a unidade interna desconectada,
Instale o Ubuntu na unidade externa USB 3.0
2b. Há um atalho para um sistema da família Ubuntu ou Ubuntu instalado, que é inicializado nos modos UEFI e BIOS. Foi criado a partir do arquivo iso do Ubuntu Server e é bastante portátil entre computadores. Veja este link para mais detalhes, como instalar este sistema a partir de um arquivo de imagem compactado,
Este método irá clonar o arquivo de imagem compactado, que é direto com o mkusb , e você não precisa desconectar unidade interna, selecione apenas a unidade de destino correta e o mkusb ajuda a fazer isso.