Você não pode instalar ambos os pacotes -dev no mesmo sistema ao mesmo tempo. Você só pode instalar um ou outro, pois eles contêm alguns dos mesmos arquivos. O arco múltiplo não permite o suporte de compilação cruzada, que é o que você está tentando fazer. Se você instalasse a versão :i386
do pacote de desenvolvimento sqlite e compilasse com o compilador de 64 bits, você certamente teria uma compilação quebrada como resultado.
Sua melhor aposta é compilar em um chroot ou VM de 32 bits, para construir a versão de 32 bits.