Por algum motivo, definir fast_shutdown=1 estava causando problemas e impedindo que o OPCache fosse iniciado. Uma vez que isso foi definido como 0 , o OPCache está ativo e em execução (possivelmente relacionado ao bug ? ).
Tudo o que é necessário para permitir que o OPCache seja definido
; Determines if Zend OPCache is enabled
opcache.enable=1
no php.ini do Apache seguido por uma reinicialização do servidor
service apache2 restart
Nota: php -i tende a usar um php.ini diferente do Apache (por exemplo, /etc/php5/cli/php.ini ), daí a discrepância confusa na pergunta original.