Este servidor foi atualizado a partir de 12.04 e não sei se foi o problema ou se é o comportamento padrão do Ubuntu 16.04.
O problema foi causado pelo dnsmasq. Na verdade, o dnsmasq estava escutando na porta 53.
/ etc / default / dnsmasq
ENABLED=0
Então
service dnsmasq stop
service bind9 restart
Resolvi meu problema.