Eu me deparei com esse problema (isolinux.bin ausente ou corrompido) recentemente.
O disco flash é feito por dd
, o arquivo iso é de 12.04.3 64 bits.
Eu corrijo isso mudando a configuração do BIOS: mudar
Tipo de emulação de unidade flash USB
de "auto" para "disco rígido". Espero que isso ajude.