Eu tive o mesmo "problema" que consertei instalando o CCSM (Gerenciador de configurações do CompizConfig) e configurando no Ubuntu Unity Plugin a opção Hide Launcher para NEVER . Dessa forma, quando o navegador abrir, o lado esquerdo estará ao lado do lançador e não no topo ou abaixo dele, para que você possa ver os dois botões, os botões do ativador e os botões do navegador.
Não há necessidade de se aproximar da borda lentamente, não ter os botões em seu lugar típico ou não maximizar, já que isso não é uma solução para a confusão entre os dois elementos.
Depois de alterar a opção no Unity Plugin, pelo menos no meu caso eu tive que reiniciar para entrar em vigor. Apenas no caso de acontecer com você. Você segura com isso alguns segundos valiosos ao navegar e quer verificar algo rapidamente.
No final, deve ficar assim:
Veja como o limite esquerdo do navegador é o verdadeiro lançador e não a borda da resolução.