Eu encontrei a solução de Como configurar o GNOME 3 para mostrar ícones na área de trabalho .
O papel de parede personalizado só é exibido se o seguinte for definido como verdadeiro:
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true
Minha pergunta definitiva: não é possível ocultar ícones da área de trabalho, mas usar um papel de parede personalizado?