Você pode gravar em outras partições para salvar arquivos de um sistema ativo, mas o que você escreve na partição raiz desaparecerá quando você reinicializar ou desligar o computador. A partição raiz está na RAM (um espaço de memória temporário). Isso significa que você não pode instalar programas ou ajustar as configurações do sistema.
Para fazer isso, você precisa de um arquivo casper-rw ou, melhor ainda, uma partição casper-rw. Se você quer ser avançado, você pode ter uma partição home-rw também.
O método é sobrepor o sistema de arquivos ao vivo com o sistema armazenado do casper-rw (e home-rw, se disponível)
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A ferramenta mkusb pode criar sistemas live persistentes de todas as versões atuais dos sabores da comunidade Ubuntu e Ubuntu (Kubuntu, Lubuntu ... Xubuntu) e Debian Jessie.
Cria uma partição casper-rw para persistência automaticamente.
Você pode decidir quanto do espaço disponível na unidade usar para persistência. O restante (do espaço em disco disponível) será usado para uma partição usbdata , disponível também no Windows.
Veja estes links