Percebi que o alternador de janelas do Unity 7 não inclui algumas janelas, mais especificamente diálogos como a janela de transferência de arquivos do Nautilus. Isso é um comportamento pretendido?
Descobri que um software que eu uso (Java-application usando JDialogs) usa diálogos o tempo todo, que irritantemente desaparecem atrás de outras janelas. Como se pode imaginar ter que minimizar quase todas as outras janelas o tempo todo para voltar a essas janelas é chato, já que eu não posso usar Alt-Tab para elas.
Estou usando o 16.04 agora, mas isso tem sido um aborrecimento por cerca de três anos agora, então talvez já esteja presente desde a introdução do novo switcher de aplicativos.