O Phoronix executou um conjunto de testes e alguns artigos sobre o desempenho do eCryptfs ao criptografar diretórios iniciais:
Meu exemplo desses artigos é que a criptografia (conforme esperado) de acordo com os benchmarks afeta o desempenho de leitura e gravação em um grau. Em CPUs pequenas (processadores Atom) e em discos rígidos rápidos (SSDs), isso talvez seja mais perceptível. Dito isso, ao usar o eCryptfs, você só paga essa penalidade de desempenho ao ler / gravar dados no seu diretório pessoal (e não no restante do sistema, como faria com a criptografia de disco completo). Além disso, com processadores mais rápidos, a quantidade de tempo gasto fazendo essa criptografia / descriptografia geralmente se encaixa dentro do IO e espera acessar os dados do disco, que normalmente é o gargalo.Quanto ao seu problema específico, se você estiver ouvindo muito ruído de "busca no disco rígido", parece-me que o seu sistema está trocando dados da memória para o disco e para frente e para trás. Se você optou por usar o eCryptfs, o Ubuntu criptografará automaticamente seu espaço de troca (que é necessário para proteger seus dados criptografados). No entanto, a troca criptografada também é muito cara.
Pessoalmente, eu sobrecarrego meus sistemas com muita RAM (8GB na maioria dos meus sistemas) e desabilito o swap totalmente.