Eu usei o Nautilus com segurança no Xubuntu sob a versão 11.04. Lembre-se de que, por padrão, o lançamento do Nautilus também pode carregar vários recursos de desktop do Gnome.
Na época, usei o gconf-editor para modificar a variável /apps/nautilus/preferences/show_desktop
para "false" e /desktop/gnome/background/draw_background
para "false". Isso parou a área de trabalho mostrando.
Eu ainda não joguei com o Xubuntu 11.10, então não posso confirmar como é a experiência lá. Eu imagino que, dado que a pilha do Gnome foi aumentada para 3.x, haverá diferenças.
Espero que pelo menos isso tenha lhe dado uma ideia do que você pode encontrar e como lidar com isso.