A maioria dos terminais parece usar a cópia no botão de seleção e do meio para colar a seleção, ou emular o botão do meio para colar (usando os dois botões do mouse de uma só vez). Esse é um comportamento típico do Unix, e a emulação é o uso atualizado exigido por mouses do tipo Microsoft com apenas dois botões ou dois botões e uma roda de rolagem.
Os botões do mouse podem ser remapeados com xinput ou outros meios. Isso será diferente de versão para versão e em modelos de mouse diferentes. Veja a documentação da comunidade Ubuntu para isso.
Veja também this pergunta , que é o contrário do procedimento que você precisa.
Terminais que tenho que usam select para copiar e middle para colar incluem terminal Gnome, terminal xfce, Eterm, plain xterm, uxterm, rxvt, mrxvt e aterm. Tenho certeza que existem outros.
Meu terminal principal, terminator (use apt-get ou o software center para instalar), permite que você escolha copy on select como opção (com um único clique):
Abra as preferências e clique na caixa "copiar ao selecionar":