Você provavelmente deseja excluir totalmente todos os backups.
Caso contrário, tudo o que produz um arquivo sólido deve lidar com arquivos duplicados de forma bastante eficiente, de modo tar + *, cpio + *, 7-zip (com a opção "solid"), RAR (com a opção "solid") ou um monte de outros, mas não ZIP.
Você pode facilmente testar isso comparando o tamanho de um arquivo com exatamente um arquivo aleatório a um arquivo com duas cópias do mesmo arquivo.