Este aplicativo foi atualizado há alguns dias. Como tal, pode ser um bug.
Soluções alternativas:
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Se você usá-lo o tempo todo, não feche-o no final da sessão e ele será iniciado automaticamente na próxima sessão (pelo menos funciona para mim no Xubuntu 14.04).
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Se você não usá-lo o tempo todo, crie um arquivo para ser executado após o login. Crie um arquivo
.desktop
com o seguinte conteúdo:[Desktop Entry] Name=Start MEGAsync Exec=megasync Type=Application Terminal=false
Salve este arquivo onde estão armazenados todos os seus arquivos de inicialização pós-login: ~/.config/autostart
. Agora, ele será iniciado toda vez que você fizer login.