Eu nunca cheguei ao fundo dele exatamente, mas eu confirmei que a placa-mãe Asrock C236M WS não inicializará com o intel_iommu = on e um kernel 4.3 (backports) ou 4.4 (Ubuntu 16.04).
Funciona bem com um kernel Debian Jessie 3.16, mas eu não queria ficar preso ao kernel antigo, então eu fui com uma placa-mãe diferente.