Primeiro, execute mimetype
no seu arquivo para obter o mimetype da seguinte forma:
$ mimetype bunny.obj
bunny.obj: application/x-tgif
Depois de determinar o tipo MIME correspondente, adicione seu aplicativo como padrão em /usr/share/applications/defaults.list
:
$ sudo su
$ echo "application/x-tgif=meshlab.desktop" >> /usr/share/applications/defaults.list
É importante usar dois > símbolos no comando acima, não um. Considere fazer um backup de /usr/share/applications/defaults.list antecipadamente também.