Eu desisti do kernel personalizado. Eu desmantelei o MATE Ubuntu e fiz uma nova instalação do Kubuntu 16.04.1 (aparentemente o KDE é mais bonito com o AMDGPU-PRO). Após a nova instalação, instalei os drivers oficiais do AMDGPU-PRO 16.30 usando apenas as instruções no site.
Eu reiniciei e confirmei que os novos drivers foram instalados. Fiz o benchmark do Unigine Valley usando o Radeon e o AMDGPU-PRO no meu R9 390. Os resultados foram extraordinários:
Radeon - 15.0 Média de FPS - 627 Pontuação
AMDGPU-PRO - 60,2 Pontuação média de FPS - 2517 (2551 em Win10)