Problema com openmpi e ou petsc

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Encontrei um problema ao compilar o dealii usando petsc / openmpi. Eu sei que isso pode não ser o fórum adequado para enviar um bug, mas a página ReportingBugs não foi útil. O problema aparentemente só ocorre no Ubuntu 16.04.

Uma das pessoas envolvidas no projeto dealii escreveu:

======================= Start of written ==============================
uname -srv 
(4.4.0-28-generic #47-Ubuntu SMP Fri Jun 24 10:09:13 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux):
$ cat test.cc
int main() {}
$ mpicxx -fuse-ld=gold test.cc

/usr/lib/openmpi/lib/libmpi_cxx.so: error: undefined reference to 'opal_list_item_t_class'
/usr/lib/openmpi/lib/libmpi_cxx.so: error: undefined reference to 'opal_class_initialize'
collect2: error: ld returned 1 exit status

This clearly is a bug in the OpenMPI implementation shipped by Ubuntu 16.04. I think someone should open a bug on the Ubuntu (or Debian?) bug tracker but I lack the time to do so right now...

However, it only appears when using the gold linker. If one disables the gold linker, everything works fine.

$ mpicxx test.cc


======================= End of written ==============================

No meu sistema, uname -srv é Linux 4.4.0-28-generic #47-Ubuntu SMP Fri Jun 24 10:09:13 UTC 2016

O que eu tinha carregado para pacotes foi há 2 dias:

sudo apt-get install libpetsc-dev

sudo apt-get install petsc*

e

sudo apt-get install libopenmpi-dev

sudo apt-get install openmpi*

Quando também comentei:

$ mpicxx -fuse-ld=gold test.cc

do arquivo de compilação funcionou.

A propósito, o modo como o Ubuntu coleta erros deixa muito a desejar. Não vi maneira de enviar o texto apropriado (acima) para o grupo apropriado. Uma varredura automática dos pacotes ou qualquer outra coisa nunca o detectaria. Também pode ser que os pacotes do ubuntu não sejam responsáveis, mas eu tenho que começar em algum lugar.

A página ReportingBugs diz tudo para não fazer, mas não o que fazer. Eu realmente odeio assistir e esperar pela piada nos vídeos e, com base no que li, não esperava mais e não assisti.

Eu achei em outro lugar para usar ubuntu-bug libpetsc-dev e ubuntu-bug libopenmpi-dev , para inicializar uma maneira de inserir um relatório de bug, mas ambos vêm com uma busca de diálogo, dizendo "pacote não instalado", então o terminal trava. Talvez seja eu, mas parece que as coisas podem ser mais elegantes.

Para o registro. Pelo menos para a pré-visualização mostrada abaixo na entrada (this) você tende a ignorar alguns \n 's

    
por Pete 14.07.2016 / 22:38

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