Encontrei uma resposta viável no tópico do stackexchange link . Envolve o uso do comando xinput set-prop, especificamente
xinput set-prop "$device_name_or_number" "Evdev Middle Button Emulation" 1
Depois de fazer isso, a funcionalidade de emulação do botão do meio do mouse que eu precisava (colar ao pressionar os botões 1 e 3 em combinação) foi restaurada.
Afterthought: isso parece relacionado ao evdev, e eu tenho um /usr/share/X11/xorg.conf.d/10-evdev.conf neste sistema. Talvez a minha sub-rotina Option Emulate3Buttons deveria ter ido lá em vez de em /etc/X11/xorg.conf?
RESUMO: para fazer esta solução funcionar no meu sistema, eu editei /etc/rc.local (como diretivas no link citado na instrução do OP) e adicionei a linha
inputattach --daemon --microsoft /dev/ttyS0
para tornar o mouse serial mais funcional. Então, eu adicionei a linha
xinput set-prop "$device_name_or_number" "Evdev Middle Button Emulation" 1
ao meu arquivo .xinitrc (não uso nenhum gerenciador de login). Depois de reiniciar e disparar o X, eu tinha um Kensington Expert Mouse totalmente funcional (pelo menos para minhas necessidades). completo com a funcionalidade do meio-botão-colar. Problema resolvido, além de entender melhor como o evdev e o Xorg jogam juntos.