É um erro, isso é uma solução parcial.
Para resolver sair usando o lançador (ou apenas fechando a janela) e relançar deixando o indicador no menu superior em execução), mesmo com o arquivo da área de trabalho abaixo os resultados parecem inconsistentes e com erros.
Crie um novo lançador que tenha StartupWMClass=Spotify
definido.
Você pode criar um arquivo spotify.desktop
com este conteúdo:
[Desktop Entry]
Name=Spotify
GenericName=Music Player
Comment=Listen to music using Spotify
Icon=spotify-client
Exec=spotify %U
TryExec=spotify
Terminal=false
Type=Application
Categories=Qt;Audio;Music;Player;AudioVideo
MimeType=x-scheme-handler/spotify
StartupWMClass=Spotify
Ou edite o original de /opt/spotify/spotify-client/spotify.desktop
(requer permissões de superusuário) adicionando a linha StartupWMClass=Spotify
no final
Salve em algum lugar que você possa mantê-lo como "Documentos". Em seguida, arraste-o para o lançador.
Isso fará com que as janelas com o WMClass chamado spotify sejam abertas sob esse ícone.
Código para obter WMClass de uma janela:
xprop|grep WM_CLASS
Isso retorna o seguinte ao clicar na janela do spotify:
WM_CLASS(STRING) = "spotify", "Spotify"
(Isso parece resolver parcialmente o problema, completamente saindo provavelmente com dois ícones novamente)
Nota: notei que o problema começou a acontecer cada vez menos quando eu o iniciei - provavelmente devido ao fato de meu sistema ter o pré-carregamento instalado, isso pode ajudar: link